Die Entstehung der Wasserburg Kerpen liegt jedoch etwas im Dunkeln. Im Jahre 1359 ist die Burg erstmals belegt: Dietrich V. von Kerpen erklärt in einer Urkunde, die Burg zu „Ildingen“ sei alter Besitz der Grafen von Saarwerden, von denen er diese zu Lehen habe. Es muss aber davon ausgegangen werden, dass die Burg schon früher erbaut wurde. Sein Vater, Dietrich IV. von Kerpen gelangte durch die Heirat mit Geneta von Warsberg ins Saarland. Der Stammsitz derer von Kerpen befand sich auf der gleichnamigen Burg nördlich von Daun in der Eifel. Geneta war in erster Ehe mit Arnold von Sierck verheiratet. Daher ist anzunehmen, dass die Burg bereits zu jener Zeit bestand. Im 16. Jahrhundert wechselte die Lehenshoheit der Burg zu den Grafen von Saarbrücken und Illingen wurde freie Reichsherrschaft. Um 1620 erreichte die Burg durch den Bau einer Vorburg den höchsten Stand ihres Ausbaus. Nach dem Ende des dreißigjährigen Krieges, in dessen Verlauf die Burg zerstört wurde, ließ Johann Daniel von Kerpen die Anlage wiederherstellen. 1677 wurden die Burg und der Ort Illingen von französischen Truppen in Brand gesetzt, was einen langwierigen Wiederaufbau bis ins 18. Jahrhundert hinein nach sich zog. 1748 verlegte Freiherr Lothar Franz von Kerpen (aufgrund seiner Funktionen als Beamter des Kurfürstentums Trier und als Ritterhauptmann des niederrheinischen Kantons der Reichsritterschaft) seinen Wohnsitz nach Koblenz, sodass ab diesem Zeitpunkt ein Amtmann der Burgverwaltung vorstand. Freiherr Franz Georg von Kerpen verlor 1794 durch den Einmarsch französischer Revolutionstruppen seine Hoheitsrechte als Landesherr, erhielt die Burg jedoch 1806 unter Napoleon als Privatbesitz zurück. Er starb im Jahr 1825 ohne männliche Nachkommen. Nachdem seine Töchter die Burg 1830 an den Bergrat Leopold Sello verkauft hatten, verfiel die Anlage rasch, da sie der Umgebung als Steinbruch diente. Anfang des 20. Jahrhunderts erwarb die Gemeinde Illingen den Komplex und leitete erste Sanierungsmaßnahmen ein. 1951 wurde der verbliebene Rundturm der Kernburg saniert und ist seitdem eines der Wahrzeichen von Illingen.